Op het St. Aloysius College kun je zowel MAVO als HAVO-eindexamen doen. Ruim tien jaar geleden was er alleen een HAVO-onderbouw. Inmiddels heeft het ALC alweer vele jaren een volledige HAVO.
De HAVO-afdeling van het ALC bestaat uit een onderbouwperiode van drie jaar. Eind leerjaar drie kiest de leerling zijn/haar profiel om de bovenbouw/examenklassen mee in te gaan. Een profiel bevat een aantal verplichte vakken en biedt de leerling ook keuzes om de vakken aan te laten sluiten bij zijn/haar interesses en keuzes voor doorstroom naar bijvoorbeeld een HBO-opleiding.
Het St. Aloysius College biedt drie van de vier profielen: economie & maatschappij (E&M), cultuur & maatschappij (C&M) en natuur & gezondheid (N&G). Voor de leerlingen die kiezen voor natuur & techniek (N&T, vakkenpakket met bèta-vakken) hebben we een instroommogelijkheid op het Alberdingk Thijm College of Laar & Berg.